A Merpati Nusantara Airlines foi fundada a 6 de setembro de 1962, na Indonésia, por iniciativa do governo, para assegurar ligações aéreas entre as regiões do arquipélago.
Com sede em Jacarta, operava a partir de várias bases regionais, incluindo o Aeroporto Internacional Soekarno-Hatta, com forte presença nas zonas mais remotas do país.
A companhia desempenhou um papel importante na conectividade das ilhas indonésias, servindo comunidades afastadas e destinos com menor procura comercial.
A sua frota incluiu Douglas DC-3, de Havilland Canada DHC-6 Twin Otter, CASA C-212 Aviocar, Fokker F27 Friendship, Fokker F28 Fellowship, Boeing 737 e Xian MA60.
Após décadas de serviço regional, suspendeu as operações em fevereiro de 2014 devido a graves dificuldades financeiras.