A Sempati Air iniciou as operações, em março de 1969, com voos destinados inicialmente ao transporte de trabalhadores da indústria petrolífera.
Com sede em Jacarta, tinha como principais bases os aeroportos de Soekarno-Hatta e Juanda, servindo destinos domésticos e internacionais.
A companhia expandiu a sua atividade para o transporte regular de passageiros, estabelecendo ligações com Singapura, Kuala Lumpur e Manila, e alargando posteriormente a rede à Ásia e à Austrália.
A sua frota incluiu Douglas DC-3, Fokker F27 Friendship, Boeing 737-200, Boeing 707, Fokker 100 e Airbus A300.
Após uma fase de rápida expansão e dificuldades financeiras agravadas pela crise asiática de 1997–1998, suspendeu as operações a 5 de junho de 1998.